Pedro de Valdivia, tras nueve años dedicado a consolidar su dominio en la Zona Central del país (1541 – 1550), exploró por tierra el sur de Chile hasta el Seno de Reloncaví. Arribó en Octubre de 1551 al Valle de “Maricüga”, nombre que fue alterado por los conquistadores por el de Mariquina. Valdivia estableció un campamento temporal, esperando los refuerzos traídos por Francisco Villagra para continuar su viaje hacia el sur.
La llegada de los conquistadores permitió el primer contacto con los williches, los que defendiendo su tierra se enfrentan con los españoles en la Batalla de Mariquina (3 de Diciembre de 1551).
Fundada la ciudad de Valdivia (1552), los indígenas del Valle de Mariquina son repartidos en encomienda –sistema que obligaba a trabajar bajo durísimas condiciones- a Jerónimo de Alderete, siendo ocupados en la explotación de los yacimientos de oro de Madre de Dios, descubiertos hacia 1560.
Durante el siglo XVI paulatinamente los españoles comienzan a habitar el Valle de Mariquina construyendo “casas fuertes” para vigilar los trabajos de los indígenas encomendados, resguardar el ganado disperso en sus propiedades y protegerse de los asaltos nocturnos.
La presencia de fortificaciones españolas en el Valle de Mariquina, data probablemente desde 1648, año en el que se construye el Fuerte de la Presentación de Nuestra Señora de Tanacura. En Junio de 1649, una avenida del Río Cruces destruye el fuerte.
El Castillo San Luis de Alba fue mandado a construir por el Gobernador Francisco Gil de Negrete en la primavera de 1649, tomando tal vez tiempo del verano de 1650, con la finalidad de proteger el flanco interno, asegurando las comunicaciones entre Valdivia y Concepción.
Alrededor del Castillo de San Luis de Alba se reunió un núcleo importante de población que daría origen al Caserío de Cruces, habitado por unos 145 españoles (familias de los oficiales y soldados de la guarnición y sus dependientes). Además, junto a la fortaleza y al Caserío se construye la primera Residencia Misional de los jesuitas.
Los vecinos del Caserío de Cruces, paulatinamente comienzan a trasladarse hacia el interior del Valle, en busca de mejores tierras para el cultivo del trigo, la cebada y la manzana y la crianza del ganado vacuno y ovino, dando vida a la Villa San José, naciente núcleo urbano, origen de San José de la Mariquina.